但是，记者调查发现，一些迹象表明整治工程存在疑问。有专家学者呼吁，亟待成立独立调查组介入调查。
疑问一：施工方案为何不公开?
长久以来，居于圆明园东北一隅的西洋楼、大水法建筑遗址群已成为许多游客心目中圆明园的地标。实际上，圆明园遗址公园包括东部的长春园、南部的绮春园以及西部的圆明园本园--历史上圆明园的核心地带。这次整治部分是本园内除了九州清晏景区以外的西北地区，占地100多公顷，即将向游人开放。
目前，工程处于收尾阶段，正在分阶段预验收。整治包含山形水系的恢复、绿化设施、配套设施建设等。
著名文物保护专家谢辰生指出：“(整治工程)根本性的问题只有两个：一、具体的施工方案是否得到文物局批准?二、施工时是否严格按照方案来实施?”
负责遗址保护工程审核的国家文物局考古处副处长张磊告诉记者，环境整治属于保护工程的一种，文物局2004年的批复文件是原则上同意，具体的项目内容和考古勘察的审核都属于北京市文物局管理范围。
但是，记者连续一个多星期联系圆明园管理处，希望公开具体施工方案和考古报告，同时致电北京市文物局了解情况。截至发稿时，双方都没有给予答复。
疑问二：遗址原始信息是否被破坏?
多位专家指出，在施工开始前，应该先进行考古勘察，出具详细的考古报告，再进行整体规划，继而才能在专家指导下开工。
而圆明园西北部工程的现实情况是边考古边整治。在施工过程中，存在动用挖掘机，地面有被开挖的现象。
“考古勘察就是打探沟。用探铲，一点一点看，那叫勘察。已经掘地三尺就是发掘。那么考古发掘是否经过批准?发掘过程有没有记录?有没有测绘图?”谢辰生提出疑问。
圆明园管理处负责文物保护工程的副主任张国斌对工程动用大型机械的解释是，施工都是避开建筑遗址，全程在考古专家的指导下进行的。
但圆明园学会专家向记者出示的《圆明园遗址的现存问题》显示：据不完全的现场调研，仅从濂溪乐处、汇方总春之庙、柳浪闻莺、武陵春色等处整治情况看，此次整治工程没有保护遗址上原有的物质遗存，大量原有建筑的基石与柱础以及河湖沿岸的磡石，从原址被挖出，随意丢弃堆集一旁，致使这些圆明园遗址物质遗存的最原始信息(如位置、功能)受到根本性的破坏。而在被破坏的遗址之上，又新建了仿旧遗址，包括建于文源阁遗址之东的游客接待中心，自南而北由数个院落、数十间仿古平房组成，尚未完工。
疑问三：整治工程谁指导?谁监督?谁负责?
原圆明园管理处副主任杨振铎1968年至1987年在圆明园遗址工作了近20年，熟悉园内的山水草木。
在一次工程会议上，当杨振铎问施工监理公司，为何不分土层深浅、一律使用大型机械施工，是否知道这样做容易破坏圆明园的山形水系时，对方反问：“山形水系是什么?”
北京市政府曾组织有关部门和专家共同编制了《圆明园遗址公园规划》，2000年获得国家文物局正式批复，得到了包括圆明园管理处在内的机构与组织的承认。规划中明确界定了园内的遗址包括建筑遗址、山形水系和植被，必须整体保护。
杨振铎曾在景点“濂溪乐处”碰到工人在拿镐刨地。工人说，不会碰到遗址。杨振铎追问：“你知道土层有多深?你怎么知道不会碰到?”对方无法回答。
杨振铎表示，并未看到考古专业人员在现场指导。
法国国家文化遗产保护学院讲师、法籍华裔建筑师邱治平说，跟管理处花了很长时间交流，提了很多建议，最后都石沉大海。
